Gli Affreschi
In zone diverse dell’ex convento sopravvivono alcuni affreschi frammentari che consentono di individuare due successive campagne decorative all’interno della chiesa durante la prima metà del Trecento, testimoniando il prestigio conseguito dal cenobio in quel periodo. Una prima fase decorativa, risalente agli inizi del Trecento, è documentata sulla parete nord del campanile da semplici brani ornamentali con stelle caudate in risalto sull’intonaco bianco, sul tipo di quelle che decoravano originariamente il duomo di Monza.
La Madonna della Misericordia
Un affresco, ancora bizantineggiante, del quarto decennio del XIV secolo, rappresenta la Madonna della Misericordia, mentre sulle pareti del campanile dell’ex chiesa sono presenti parti superstiti di un ciclo trecentesco di vasto respiro, illustrante scene della vita di Cristo e immagini di devozione
La crocefissione e Santi
L’affresco della Crocefissione e Santi del 1354 è l’unico presente nel convento di San Francesco di cui si conosca la datazione precisa. Su una parete del corridoio dove si trovava l'affresco prima che fosse restaurato, c'è una lapide in marmo con una citazione incisa dalle Memorie del Conte Giorgio Giulini: “ISTUD ALTARE CUM PICTURIS QUE SUNT IN ISTO PARIETE FECIT FIERI DOMINUS GUIDOLUS PIXIT TUNC MARTEXANE PRO DOMINO MEDIOLANI MCCCLIIII.”
Si presenta ora diviso in due parti: a destra la Crocefissione, con al centro il crocefisso e ai lati la Vergine e San Giovanni Evangelista; sulla parte sinistra sono invece raffigurati due santi: San Giovanni dei Pellegrini e Santa Francesca Romana. Le due scene sono separate da una sottile colonna tortile policroma. L’opera, una bella composizione caratterizzata da disegno fermo e sapiente uso del colore, è una prova della diffusione dell’arte giottesca in tutta la Lombardia nella prima metà del Trecento.